La millenaria chiesa di San Secondo a Gubbio risale certamente ad epoca precedente la fine del secolo V: in essa si vuole che fossero sepolte le spoglie del martire soldato Secondo (+284 d.C.) morto ad Amelia sotto Massimiliano imperatore. Il primo fatto storico che prova questa asserzione è la deposizione in questa chiesa delle reliquie dei martiri di Lambesa, Secondino ed Agabio, vescovi, avvenuta tra gli anni 496 e 523 per volontà del vescovo di Gubbio che volle che parte di queste spoglie fossero messe in cattedrale e parte in San Secondo. Da ciò avvenne che spesso il titolo di San Secondo venne confuso con quello di San Secondino vescovo. Questa chiesa rivestiva una certa rinomanza per la presenza di “clero stabile”. Non si sa comunque quando divenne “collegiata” e quando vi venne costruita la primitiva “canonica”. Gli storici sono concordi nell’ammettere che la vita comune del clero vi ebbe inizio nel secolo X, allorché anche presso la cattedrale il clero cominciò a vivere in comune nell’osservanza della Regola di Aquisgrana. A San Secondo si formava il giovane clero della diocesi eugubina e qui venne condotto Ubaldo de’ Baldassini dallo zio paterno per la sua prima educazione all’età di circa sei anni. Completati gli studi inferiori a Fano, Ubaldo tornò a San Secondo quando aveva vent’anni, professandovi la regola di canonico regolare sotto il priore Lieto e divenne sacerdote nel 1114. La canonica di San Secondo ebbe nel 1141 il privilegio dell’esenzione vescovile, allorché scegliendosi una vita più perfetta, quei canonici accettarono di osservare la regola di Sant’Agostino: Innocenzo II, il 23 marzo di quell’anno ne sanzionava la decisione inviando una bolla di privilegi al priore Lieto. Evidentemente il vescovo Ubaldo aveva sostenuto i suoi vecchi confratelli in questo cammino di perfezione: con i suoi mezzi restaurò la chiesa ed il monastero donando una sua vigna ed un mulino; poco dopo eresse quella chiesa in parrocchia. Il vescovo Offredo nel 1180 confermava le concessione di Ubaldo. Negli ultimi decenni del secolo XII la canonica di San Secondo divenne florida per dipendenze e possedimenti terrieri; poté ricostruire in stile gotico la chiesa ed il monastero con un grande chiostro. Seguì un periodo di assestamento economico all’inizio del secolo seguente con i primi sintomi di decadimento dovuto alla mancanza di elementi: nel1224 papa Onorio III raccomanda al priore di tenere nella comunità almeno 6 canonici. Nel 1343 i canonici di San Secondo costruirono l’altare gotico nella chiesa rinnovata della munificenza dei Gabrielli che erano ghibellini.; i canonici tennero pertanto una politica ambigua di amicizia fra opposte fazioni. Il declino divenne più grave allorché vennero in Gubbio a stabilirsi ordini religiosi nuovi e riformati che oscurarono i vecchi fasti della canonica di San Secondo: ad esempio, i nuovi canonici regolari di Lecceto, di recente fondazione, si vennero stabilire nel 1313 nella chiesa di Sant’Ambrogio sul monte Foce. In quel piccolo monastero erano di casa il fervore della preghiera e lo zelo della vita cristiana. Dopo le prime diffidenze l’affinità degli istituti, la vicinanza dei luoghi, il fervore dei più zelanti fece maturare tra le due comunità di canonici regolari una certa familiarità e simpatia che presto divenne fraternità, al punto che si cominciò a parlare di unione, che di diritto si attuò nel 1413 con la sanzione dell’antipapa Giovanni XXIII. Terminato lo scisma d’occidente papa Callisto III riconfermò l’avvenuta unione, nel 1455. intanto i canonici ambrosiani si erano uniti nel 1418 con l’antichissima canonica di Santa Maria di Reno, ora in San Salvatore di Bologna, a formare la congregazione Renana del SS. Salvatore. Così la canonica di San Secondo perdeva la sua autonomia ma in compenso veniva sottratta dall’estinzione e diventava custode dei ricordi più insigni dell’ordine canonico di Gubbio. Il piccolo monastero di Sant’Ambrogio divenne una dipendenza di quello di Sa Secondo e venne riservato a quei pochi canonici che sentivano l’attrazione della vita solitaria e alla più perfetta contemplazione: qui visse tra il 1498 e il 1513 il Beato Arcangelo Canetoli, bolognese (nato nel 1484), canonico regolare renano di grande virtù e santità; il suo corpo incorrotto si conserva nella chiesa di Sant’Ambrogio, presso le spoglie dei confratelli Beato Francesco Nanni e del vescovo Agostino Steuco, morto nel 1549. il suo culto venne riconosciuto nel 1740. Nel cinquecento, mentre sul monte Ingino i canonici lateranensi costruivano il monastero e la chiesa di Sant’Ubaldo, la canonica di San Secondo è nel massimo splendore; ben due canonici di Gubbio vengono chiamati alla dignità di Priore Generale della congregazione renana, don Ambrogio Lami e don Agostino Pacchelli. All’inizio del secolo XVII il priore di San Secondo ebbe il titolo abbaziale. Nel settecento la chiesa e il monastero furono più volte restaurati; nel 1712 l’abate Morosini di Venezia copre con linee barocche la semplicità gotica della chiesa originale e nel 1796 l’abate Montagnani di Ferrara abbellisce di stucchi la canonica e la chiesa fornendo di nuove tele ed ornamenti gli altari della stessa. Tutto ciò non esentò il monastero di San Secondo dalla comune decadenza della vita religiosa. Alla fine del secolo XVII con l’occupazione francese di Roma i monasteri ove convivevano meno di quindici religiosi furono soppressi. Per la solerzia del procuratore renano D. Vincenzo Garofani pare che la canonica di San Secondo sia stata ripristinata nel 1802 con un abate, 5 canonici ed un fratello coadiutore. Nuovamente soppressa nel 1808 la canonica eugubina perdette tutti i suoi beni e due anni dopo la soppressione generale di tutti gli ordini religiosi i canonici di San Secondo furono nuovamente dispersi. Tutto sembrava finito, allorché l’abate Garofani ottenne nel 1814 da papa Pio VII il ripristino della congregazione renana. Una delle prime canoniche che tornarono a nuova vita fu quella di San Secondo nel 1815: 12 canonici vennero destinati a ripopolarla ed il 24 ottobre di quell’anno vi venne ripristinata la vita comune. Per merito dello stesso abate D. Vincenzo Garofani nel 1823 la congregazione renana si univa ai superstiti della Congregazione Lateranense che erano rimasti alla canonica di Sant’Ubaldo fino alla soppressione innocenziana del 1675. La canonica di San Secondo nel secolo XIX ebbe un numero limitato di membri. Nel timore di nuove soppressioni, dopo aver accortamente evitata quella del 1861-65 l’abate Filone vendette nel 1908 per ordine dell’abate generale D.Giovanni Strozzi ju. numerosi beni della canonica. Questa venne restaurata nel 1919 ed ancora nel 1942, da don Giuseppe Ricciotti, che ne fu l’ultimo abate, ed ancora recentemente come sede del noviziato.