Ubicata a Ovest di Gubbio, fuori dall’antica cinta muraria, la chiesa, con l’annessa canonica di San Secondo, rappresenta uno dei siti storici più importanti per la città e per i Canonici Regolari di S.Agostino.

I Canonici Regolari di San Secondo autonomi fino alla riforma del secolo XIII, aderirono alla Congregazione del SS. Salvatore di Bologna e poi ai Canonici Lateranensi all’inizio del secolo XIX.

La canonica è molto cara agli eugubini anche perché l’amato Patrono Sant’Ubaldo vi ricevette i primi insegnamenti, in un ambiente particolarmente formativo per la vocazione al sacerdozio e per la vita comunitaria. Sant’Ubaldo rimase sempre legato alla canonica di San Secondo, dotandola di un certo patrimonio e rendendola autonoma dalla giurisdizione episcopale.

A Gubbio, città contrassegnata da una vicenda trimillenaria, è sempre difficile poter stabilire le origini di monumenti anche se particolarmente significativi per la storia e per l’arte come, appunto, l’abbazia di S. Secondo.

La leggenda vuole che questa chiesa sia stata costruita nel 292 da Eudossia Gabrielli per riporvi i resti di San Secondo, martirizzato in Amelia (284) durante la persecuzione di Massimiano.

La storia invece ci tramanda antiche notizie tramite il “Codice Bavaro” da cui apprendiamo che quando Gubbio apparteneva alla pentapoli annonaria (568-772, vi facevano parte anche Jesi, Cagli, Fossombrone, Urbino, che garantivano in particolare l’approvvigionamento alimentare), la chiesa di Ravenna vi aveva presso la chiesa di S. Secondino, un rectorio, cioè la sede amministrativa dei beni che la chiesa ravennate possedeva nel territorio eugubino. Nel 1141 papa Innocenzo II pone sotto la sua diretta protezione Letone, priore della chiesa dei Santi Agapio e Secondino e i suoi canonici, confermandovi la regola di S. Agostino da poco adottata. Da queste prime notizie si rileva subito l’equivoco che può sorgere dalla somiglianza del nome dei Santi Secondo e Secondino.

S. Secondo è un martire locale, un soldato cristiano ucciso in Amelia e gettato nel Tevere; il suo corpo, trovato da un pescatore, di nome Mauro, fu riportato a Gubbio, sua città natale, dove gli venne dedicata una chiesa.

Tra il V e VI secolo, dalla Sardegna (forse dall’antico centro fenicio-punico e poi romano di Sulci, l’attuale S.Antioco, dove si hanno memorie del passaggio dei primi testimoni della fede) furono traslate a Gubbio le reliquie di alcuni Santi Martiri di Numidia († 259): quelle di Mariano (lettore) e Giacomo (diacono) furono portate nella cattedrale, di cui divennero i titolari; quelle di Emiliano, soldato martire e di una Santa Donna con i due figli gemelli, martiri, vennero portate in località Congiuntoli, dove poi venne eretta un’abbazia. Quelle di Secondino e Agapio, vescovi, di tertulla e Antonia, vennero trasferite nella chiesa di San Secondo di cui per molto tempo, i due vescovi divennero i titolari. Ecco il motivo della loro citazione in molti documenti, finché l’intitolazione a San Secondo soldato, di culto locale, prese il sopravvento.

Della primitiva chiesa non si hanno notizie, mentre l’attuale è il risultato di una lunga serie di trasformazioni, alcune radicali, che si sono succedute dalla sua costruzione nel XIII sec. ad oggi.

Gli interventi del XV sec. si possono notare, all’esterno, nelle arcate del chiostro del sec. XII  lungo il viale d’ingresso, ora tamponate, che lasciano intravedere le colonne in pietra serena e nella cappella dedicata a Sant’Antonio Abate, posta sulla sinistra della porta d’ingresso della chiesa, costruita nell’anno 1490 dalla famiglia Oddi, come si legge nella scritta sulla trabeazione: “guidone prin. regnante / sacellum cum ara  sub vexillo salvatoris nostri divo antonio / barbato angelus oddusci eugubinus sua impensa aedificavit / anno salutis mcccclxxxx”;  e all’interno con la costruzione della volta a vele che, tagliando gli arconi originali tipici dell’architettura ecclesiastica eugubina del XIII e XIV sec., ha ridotto lo slancio delle primitive linee gotiche, evidenziate solo nel presbiterio, dove si può ammirare la splendida abside restaurata nel 1942 dall’ultimo prestigioso abate di San Secondo, Don Giuseppe Ricciotti (1890-1964).