Nel 1498 fu accolto dal Superiore del Monastero di Sant' Ambrogio. Da quel momento il suo iter formativo andò sempre crescendo tanto che visse per quasi dodici anni nell'Eremo di Gubbio, di cui sentiva il richiamo interiore.

Per capire la santità e la personalità del Beato. Arcangelo Canetoli bisogna conoscere i tempi in cui l'uomo è vissuto. Solo allora si può dire che "la santità è come una luce che risplende sempre e dovunque, ma che è tanto più bella quanto più profonde sono le tenebre in cui apparisce " (Vita del Beato Arcangelo Canteoli-Gubbio 1913). La fama della sua santità si divulgò subito e a lui accorsero a chiedere consigli i poveri e i potenti. Ebbe il dono della predizione: a Giuliano dei Medici preannunziò l'elezione a Papa del fratello Giovanni, come poi avvenne nel1513 con la nomina di Leone X. Il Canetoli recatosi a Firenze chiamato da Giuliano dei Medici che voleva offrirgli l'arcivescovato di Firenze, ricusò con fermezza l'offerta per continuare la vita nel silenzio del suo eremo di Gubbio. Durante il viaggio di ritorno, a Castiglion Aretino, in casa della famiglia Acquisti, che dopo la morte di Antonio, medico a Gubbio, era tornata al paese natio, passò a miglior vita. Era il16 aprile 1513. Gli eugubini da Giuliano dei Medici ottennero l'autorizzazione a riprendere il venerato corpo del beato, che il 3 dicembre dello stesso anno fu riportato a Gubbio.